【自動アップデート機能付き】BootNTR Selector

Githubではないのですが、GBATempにはNTRCFWのこういうソフトが有りました。
gbatemp.net

NTRCFWのバージョン選択が可能で、かつ自動アップデート機能付きだそうです。
11.3に対応してるのも嬉しいです。
BootNTRSelector-FONZD-Banner.cia (1.8 MB) free instant download - FileTrip

従来のNTR CFWから乗り換える手順
3DSの設定→データ管理→3DSのデータ管理→ソフト管理から以前のBootNTRを削除します。
SDカード内の、SD:/ntr.bin、SD:/3ds/ntr/ntr.binの２つを削除します。
FBIなどで、上のリンクのciaファイルをインストールします。
セレクトボタンを押しながら起動してください。
Use Defaultを選んでSAVEしたら、後は流れでできると思います。